Clone Read LE_HBa0230M03_SP6_405720

Sequence Read 
Read Class
BAC ends
Read ID
LE_HBa0230M03_SP6_405720
Primer
SP6
ID from Seq. Facility
LE_HBa_230_M03-SP6
Chromatogram
Sequence 
Version
1 (current)
Length (bp)
1 trimmed for vector and quality, 2604 raw
Sequence
>LE_HBa0230M03_SP6_405720 (raw untrimmed)
AGTGATATGTGACTACATACGTGANAGTACGCTGTATATCATGTAGCTCGCTCAGCAGACTTGGAGTNAATGACTGGCGTACATACTGAAATCATGATAC
GTGTGCTTAATTGACTTGATTAGATCTGATATACTACTCGCTGACGCTAGATGGATGGTGGCATCGATGTGATGTGAATCTGGATAGGCACATGATGCAG
AGATGACGACGACGTAATGATGTAGTCTGTCAGTTAATTGTTGTGTGATGGTGGAATCGACTACCCTCGCTACTCTTATCATCATAAGATACGATGAATG
GGTATGCTGTTATATTACTATGATATGAACGTAGCATAGTTGATGCAGTCTTGAGTATATTGTGATGTACGTGTGTGAATACACAATCAGTGATGATGAG
AGTATCAACACGTTTATATTGCTATGCTGTACTGTCGATGATCTACTNCTGTCTTGAGGTGCGAAGGATGTAGAGACCTCACGTCGAGGTNTGATCTATT
GGGAGACTACCTTCATCAATATGAGTAAGCAGTGATGAATCGGGATCCGCACCACATAATGATGATGATGAAATGCGTGAACTATATCGTGAGTCGTAGA
GTGTGAATGGCAGTGTATATGGATTTTCTCAGTGGATATTGTTTGCTGTGCAGCGTCATTGCTGAGAGTAGACTTATTTGTCGAGTACATAATGTGTGAT
TAACACTCATCGCATGGGTAACTGCGTCACTGATGTAATTGCGGTGGCATGATATGTTCTAGTTCTTGTATGTCATTAGTATATGATACATATTGATTGA
TATGTAATTGGAGATTGGACTACTGACGAGTTATGTTATGTGTACATTAAGTTGATGTAGTAAAATGCGATGATCGATGCTGTGAGAGATGGTTACAATG
ACAGATATGAGTGTGATATGTAAGATGTTGAGAACTATATGTCATTATGCATCTGGAGGTGTGTGATCTAATACCGTATGAGCTATAGAGGTGCAGTCAT
CACTAATAATGATATAGTGAGTGTATGAGATTGTGNATGGTTATAGATCTAAGAGTCACTGTCGGAATACTGTGAGCTATTGATTCTGTTCCATGATATG
AGCGAGACATTGATATGAGCGTATGGGTATAGAATATATGTGATACGCGTAGTATACTTGTGTGTGTTGAATAGTTGGTGTAACTTACATGTCGAGTGTA
GGTGTATGGGAGTATGTCGGTGGCATTAGAATCTATGTAGAGATAGATGAGATATCAATGGCTAATATAGTTACGTCTTACATGAGTCGACATATGCATG
ATCGTCGTACGTGTATGAGACGTGATTGATAGAGAGGACAGATAGCATATAAGTATGCGTATGTATTGATGCATGATGTCGAGCGAACTAAGAATCAGTG
TGGATGTGCCTATAGTGTAAGATATAGTACGATCGTACTGAACATCATGTGTAATGAACTCTGTGCTGTATCAACACAATCGATGAGAGAAGATGCTCGA
TTTGCGTATGTCGACATGCTGCGTATTGGTGAATACTATGAATGGCGTAAGTGCGGATATGATTGATATGAGCATTGGTGCTGCACGTGACGAGCAATAC
ATCGAACTGTGNGTGATATCATGACGTATTGAATATGCATGCATTCAGTCTCTTTGTGAGATGGTTATATATACTTATGAGATGGCTGACTTACGTGATA
TGTAATGAATGGAGAGGCTTAGACCGAGTTGTGCATACTATGAGTGATGTCTTATGATCTCTATGAGTCAGCGTGAGACGCTAACGTGTGTGTTGATTAC
GCAGAGATTAATGCGTTATGTGTTGAGTACTACTGACTGATAATACGACATTCAACCGAGTTGTGATGCTGATTGNCGACGTCTAGAAGCTTACTATGCA
CGGTAGTGAAGATGTTGGTGACTATCGATATGAGTAATGGATATTCGATTGACTGGTACAAAATGTATGGAAGCATANTATGATCAGTGCAGACTGCGCG
TCTGCATGATGTTGATACATCCGTTATCATTCATGAATGGTGCGCGACTGGATATATGTGCAGTAGTGAGTAATACAGAGAGAGTAATAAGTAGATTGAT
TGATGACAACATGCGGATGTGTATCGCTGCGCGCTTATAGCTACTGATGCTATGTGACTATCATTATATGTCACTGTCCATGTGTAGTCATCCCTACAGA
GTCGATAACTGACCTAGTGATGATGNGAACATCTTGGAGGTATGATAGTATAGCTCGCTATACATTGCTCGATCTGTGTGTGCTGACTGAGATCGGTGAG
ATACTATATAGCTGTGATGTGACTATGCACATGAATATGTATGATGAATATGATAATGGTGTGGAGTCGAGAGATGTCGAGATTTGCACACCATGTCGAT
CACTAGTAGACGTGTGCATGTGCGGCGTATTGAAGATGTACTGTGTAGATGATGATATGCGAATAACTATGTTCATGTAGATTGTGATGATATACGTAGT
GGTGACGTAGATNCAGAGTGATGATGTGAGNGATATCATTGAGATGTACATTTATGAGATCAGATGCGCCTGATCGTGTATANGATTCTATATTGTGCTG
TACG
>LE_HBa0230M03_SP6_405720 (trimmed for quality and cloning vector)
A

This is probably not a useful sequence.

Problems:
  • Short cloning insert
  • High predicted error rate
  • Low complexity
Warnings:
  • Not screened for chimera
  • Not screened for repetitive elements
  • Not screened for contaminants
Quality Report
Processed by
SGN
Vector signature
flanking vector not found in read
Quality trim threshold
20.5
Sequence entropy
not recorded
Expected error %
100
Sequence Annotations 
Automatic Annotations
No automatic annotations found.
Manual Annotations
No manual annotations found.
BAC 
Clone LE_HBa0230M03
Clone
Clone name
hba-230m3
LE_HBa0230M03
P230M03
Clone type
BAC
Contamination
none
Estimated length
not yet estimated
Library
Name
Tomato HindIII BAC Library
Cloning host
E. coli
Organism
Solanum lycopersicum (formerly Lycopersicon esculentum)
Cloning vector
Accession
Heinz 1706
Restriction enzyme
HindIII

Other Reads:
1 sequencing reads found